某日(rì )，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪(nǎ )知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤(téng )原启治 配音）在无意之中(zhōng )将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。　　之(zhī )后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新(xīn )一家人，而为首的，竟然是双叶里的(de )里长四膳守（山(shān )寺宏一 配音）。原来，四膳首(shǒu )是一位激进的环保主义着，妄图通过(guò )一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都(dōu )变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守(shǒu )准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利(lì )亚（后藤(téng )邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。